故事
在付出慘痛的犧牲後，大和號終於將宇宙的邪惡侵略者「白色彗星帝國」消滅，並準備返回地球。西元2201年，當受重創的大和號即將完成修復工作時，與古代亦敵亦友的德斯拉為了重建加米拉斯帝國並振興其民族，於是決定回到母星加米拉斯。然而，當德斯拉艦隊從麥哲倫星雲回到伊斯坎達爾與加米拉斯這對雙子星時，才發現母星早已遭神秘的敵軍艦隊佔領。
目睹母星遭入侵，憤怒異常的德斯拉隨即與敵軍交戰，但是萬萬沒想到，敵軍所發射的飛彈竟然將加米拉斯星完全摧毀，一個星球就這樣從宇宙中徹底消失了。同一時刻，身為雙子星之一的伊斯坎達爾星也因此失去平衡，脫離軌道並漂流於宇宙之中，而絲塔西亞與古代守此時仍在伊斯坎達爾星上。
為了驅逐神秘敵人，為了拯救伊斯坎達爾星，出發吧，大和號！
