公元2003年，一群宇宙考古學家於仙女星座的SOLO惑星上發現三艘巨型可變太空船和一艘巨型宇宙艦，前者就是傳說中擁有可統治宇宙大能的巨神 IDEON 伊廸安。
半年後，當他們還未完全掌握伊廸安的操控方法時，一群稱為Buff Clan的外星人遇上了SOLO惑星。外星人軍方首領的女兒Karala，在違抗命令的情況下獨自到惑星上進行探索，在種種誤會下，Buff Clan認定地球人向Karala發動了攻擊，一場戰爭便在這可悲的情況下展開。

此時，故事的主人翁COSMO YUKI，登上了三艘太空船的其中一艘，並合體變型成為伊廸安，替地球一方勝了第一場仗。此後，地球宇宙軍派出了正統軍支援；Buff Clan則對SOLO星上的各個地球殖民城市大恣破壞。最後僅餘的地球人生還者，在伊廸安的保護下坐上考古學家早前發現的巨型宇宙艦(現稱為SOLO SHIP)離開了惑星，開始了漫長的宇宙流浪。同時，企圖搶奪伊廸安並得到其神秘能量"IDE"的Buff Clan也開始了對SOLO SHIP的追擊。

故事發展下去，伊廸安真正的能量慢慢展現出其可怕一面。最後主角們被地球政府離棄，一步步走向無可挽回的悲慘結局.....