「名字被寫進這本筆記本的人就會死。」 拿到這本由死神流克所掉落的死亡筆記的人是日本的高中生夜神月。月將世界上一個個犯罪者的名字寫進筆記本上，相信這樣的行為會是正義，誓言要成為一個沒有犯罪者的新世界的神。發現有人在制裁犯罪者的一般民眾，開始稱呼這位制裁者為「奇拿（KIRA）」。

另一方面，察覺到奇拿出現的ICPO（國際刑事警察組織），委託一個名為「L」的偵探來調查奇拿事件。L是唯一能動員全世界警察的人，世界上很多陷入膠著的案件都是由他查出。他的本名和居住地完全沒有人知道。 認為奇拿是「罪惡」的L，用巧妙而大膽的方式證明出「奇拿你就在日本關東地區」，在日本設立搜查總部挑戰奇拿。奇拿和L，從此為了揭露彼此的真面目，也為了彼此的正義互相對立。