在公元2036年發生了好像第2次關東大地震般的災害，結果徹底破壞了東京。為了盡快復甦，基內姆跨國際企業使用了大量人造人：人們稱呼它們為“亞人“各種各樣的亞人承擔了幾乎一切繁重的重建工作，所有對人類危險的工作也由他們來完成！經過6年，東京：昔日繁華的大都市，再一次在世人眼前矗立起來！到處可聽到人們讚歎亞人的偉大和辛勞，亞人的使用也開始廣泛。

但是，由於大量重建工作的完成，使得越來越多的亞人被閒置，一些人類也開始抱怨亞人搶奪他們的工作機會，此時，亞人本身的機械故障頻繁出現，再加上一些別有用心人的暗中操作，使得城市中亞人犯罪的記錄不斷上升。為了應付這種局面，東京警察局特設了一個警察部隊：AD Police，用來監管一切亞人犯罪事件。

不過呢，AD Police並未能很好的控制住漸漸混亂的局勢，就在此時，一個身穿裝甲服的三人女性集團悄然出現，獨自執行消滅亞人犯罪的案件，這也使得當局以及AD Police的臉上無光，從而把這叁人女性集團視為犯罪份子。在民間，她們被人稱呼為：午夜飛刀（Knight Saber）！

一位從鄉下來的女孩，帶著對KS的憧憬，成為東京某公司的OL，一次偶然的機遇，使得她初識了KS的一員，更因此而毛遂自薦。從此，午夜飛刀成為了四位女性的座右銘。不過，雖然夜間軍刀的目的在大眾看來是英雄般的行為，但其核心的成員卻彷彿是別有用心……